رفع اشکال الکتروفورز آگارز | مشکلات الکتروفورز DNA و دلایل احتمالی آن ها ,

مشکل:‌ الگوهای باند غیر معمول

دلایل احتمالی:

• قبل از باگیری DNA مارکر گرم نشد.
• دناتوره شدن DNA
• شرایط بارگیری متفاوت برای نمونه DNA و مارکر DNA
• شرایط نا مناسب الکتروفورز
• استفاده از درصد ناصحیح ژل و یا بافر
• مهاجرت غیر معمول به دلیل توالی ها و یا ساختارهای مختلف DNA
• اثر GEL SHIFT
• غلظت بالای نمک در نمونه ها

  مشکل: اسمیر شدن باندها

  دلایل احتمالی:

  • تجزیه شدن DNA توسط نوکلئازها
  • شرایط نا مناسب الکتروفورز
  • اثر GEL SHIFT
  • بارگزاری بیش از اندازه DNA
  • غلظت بالای نمک در نمونه
  • شکل­گیری نامناسب چاهک های ژل

  

  مشکل:‌ باندهای منحنی شکل DNA

  دلایل احتمالی:‌

  • ژل به طور کامل در بافر الکتروفورز قرار نگرفته است.
  • حجم نمونه ها کم می باشد.
  • شرایط عمل الکتروفورز نامناسب است.
  • حباب ها و یا ذرات بزرگی در چاهک های ژل و یا خود ژل موجود می باشند.

  

  مشکل:‌ باقی ماندن DNA در چاهک

  دلایل احتمالی:

  • شکل گیری نا مناسب چاهک های ژل
  • بارگیری بیش از اندازه DNA
  • آلوده شدن نمونه DNA
  • اثر GEL SHIFT

  مشکل:‌ تعیین مقدار غلظ

  دلایل احتمالی:‌

  • شرایط بارگیری متفاوت بین مارکر DNA و نمونه ها
  • تعیین باند غلظ مارکر برای تعیین مقدار نمونه
  • استفاده از روش تعیین مقدار نامناسب
  • رنگ امیزی ناهمگون ژل و نیز رنگ شدن پس زمینه نیز می تواند بر نتایج تعیین مقدار ژل اثر بگذارد.
  • پوشیده شدن DNA توسط رنگ های مسیریابی